復合土工膜的滲入性可以用滲入系數或透水率來表示。前者的優點是便于和土體的滲入系數相比較。復合土工膜的滲入系數一般都是很小的，但其厚度也很小，其滲入率更能夠充分地反映出來。對水庫或渠道來說漏一點水影響不大，但對環境工程中的污染源的隔離來說，則對滲漏量要求要嚴格很多。
復合土工膜的滲入系數不是一個固定值而是隨復合土工膜所承受的正壓力而變化，總的趨勢是隨壓力的增加而減少。工程應用上當復合土工膜承受大的壓力（水頭或覆蓋層荷載）及其接觸曾的土粒較粗時，復合土工膜很容易被刺破而喪失其防滲能力。
復合土工膜不宜與較粗的土粒相接觸，必要時應當采用復合土工膜，用土工織物保護復合土工膜不被損壞。墊層顆粒愈細、級配愈好，聚乙烯膜抵抗水壓力的破壞能力俞強。厚0.25mm的聚乙烯膜鋪在級配較好的砂卵石墊層上，可承受200m的水頭經久不破。厚0.65mm的聚乙烯膜鋪在級配較低的砂卵石墊層上，可承受215m的水頭經久不破。